質問内容の形で許可を取得することはできません。

本社（主たる営業所）が持っている許可（一般・特定）の区分を越えた形で、支社（従たる営業所）が許可の取得や変更をすることはできません。

例えば、本社と支社がそれぞれ特定で「電気通信工事業」の許可を取得している場合において、支社にいる「特定の専任技術者」が退社することになり「一般の専任技術者」しかいなくなった場合には、従たる営業所の「電気通信工事業」を廃止するか、主たる営業所の特定許可を一般許可に変更するしかありません。